Index

_

__optimizeAlfaForTransform() (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis method) _extractArchetypeProfiles() (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis method) _extractCloseMatch() (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis method) _findNewArchetype() (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis method) _furthestSumInitialize() (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis method) _initializeArchetypes() (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis method)

_optimizeAlfa() (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis method) _optimizeBeta() (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis method) _randomIdxInitialize() (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis method) _randomInitialize() (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis method) _rankArchetypes() (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis method) _returnVbarL() (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis method)

A

AA_SCRIPT_PATH (in module iteraa.constants) alfa (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute)

ArchetypalAnalysis (class in iteraa.iaa) archetypes (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute)

B

beta (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute)

C

C (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute) calcSSE() (in module iteraa.utils) calcSST() (in module iteraa.utils)

closeMatch (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute) computeXtX (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute) createSimplexAx() (in module iteraa.plot)

D

DPI (in module iteraa.constants)

E

ecdf() (in module iteraa.utils)

explainedVariance() (in module iteraa.utils) explainedVariance_ (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute)

F

FIGS_DIR_PATH (in module iteraa.constants) findFurthestPoint() (in module iteraa.utils) fit() (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis method)

fit_transform() (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis method) fitClassical() (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis method) fitPIAA() (in module iteraa.piaa) furthestSum() (in module iteraa.utils)

G

getCaseStudyData() (in module iteraa.datasets)

getExampleBlobData() (in module iteraa.datasets) getExampleSquareData() (in module iteraa.datasets)

I

initialize (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute) iteraa module iteraa.constants module iteraa.datasets module iteraa.iaa module

iteraa.piaa module iteraa.plot module iteraa.runAA module iteraa.utils module iterative (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute)

J

JOBSCRIPTS_DIR_PATH (in module iteraa.constants)

M

mapAlfaToSimplex() (in module iteraa.plot) maxIter (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute) module iteraa iteraa.constants iteraa.datasets iteraa.iaa iteraa.piaa iteraa.plot iteraa.runAA iteraa.utils

N

nArchetypes (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute) nData (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute) nDim (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute)

nSubsets (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute) NUM_JOBS (in module iteraa.constants) numThreads (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute)

O

onlyZ (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute)

OUTPUTS_PICKLES_PATH (in module iteraa.constants)

P

PALETTE (in module iteraa.constants) parallelPlot() (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis method) plotCloseMatch() (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis method) plotProfile() (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis method)

plotRadarDatapoints() (in module iteraa.plot) plotRadarProfile() (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis method) plotSimplex() (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis method) plotTSNE() (in module iteraa.plot)

R

RANDOM_STATE (in module iteraa.constants) randominit (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute) randomState (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute) redundancyTry (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute) robust (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute)

RSS0_ (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute) RSS_ (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute) RSSi_ (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute) runAA() (in module iteraa.piaa) (in module iteraa.runAA) runTime (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute)

S

shuffle (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute) solveConstrainedNNLS() (in module iteraa.utils) stepsAS (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute) stepsFISTA (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute)

submitAAjobs() (in module iteraa.piaa) SUBSETS_PICKLES_PATH (in module iteraa.constants) subsetSplit() (in module iteraa.piaa) subsetsSampleIdxs (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute) subsetsZs (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute)

T

tolerance (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute)

transform() (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis method)

V

verbose (iteraa.iaa.ArchetypalAnalysis attribute)